La donación de órganos en la actualidad es un tema de suma importancia en la salud pública. La información adecuada sobre los detalles de este tema es extremadamente importante, pero aún no está muy extendida entre el público. Este estudio se realizó con el objetivo de determinar el nivel de conocimiento sobre donación de órganos entre los estudiantes de medicina en Paraguay y los factores socio-académicos asociados que influyen en su nivel de conocimiento. Se trata de un estudio transversal analítico, basado en una encuesta multicéntrica entre estudiantes universitarios de medicina. Alrededor del 68,7% (235) de los los encuestados eran estudiantes preclínicos de ciencias básicas. Se evaluaron dos aspectos, el conocimiento sobre la donación de los órganos y los factores socio-académicos, luego ambos aspectos fueron evaluados a través de análisis bivariados y multivariados. Hubo 342 encuestados con una edad mediana de 22 años (rango intercuartil: 20-23 años) de los cuales 263 (77%) eran mujeres. Ciento ochenta y ocho (55%) informaron desconocer la ley que protege y regula las actividades de donación de órganos y tejidos en Paraguay. En el análisis multivariado, la mayor frecuencia de un buen nivel de conocimiento sobre la donación de órganos se presentó en los de mayor edad [RPA: 1,07, intervalo de confianza (IC) del 95%: 1,02-1,12, p = 0,007] y en dos de las universidades evaluadas (ambas con valores de P < 0,012). Por el contrario, aquellos que eran estudiantes de preclínicos, en general, tenían un nivel más bajo de conocimiento de donación de órganos (RPa: 0,61, IC 95%: 0,46-0,79; valor P <0,001). Nuestros hallazgos denotan un conocimiento relativamente pobre de la donación de órganos en algunos subconjuntos socio-académicos. Por lo tanto, es importante desarrollar estrategias para aumentar el conocimiento sobre el tema, creando oportunidades a través de discusiones y debates entre los estudiantes de todos los niveles académicos y también mediante realización de congresos académicos sobre el tema.